Чтобы сохранить ключевую фразу в эпловском keychain, нужно добавить следующие команды в ~/.ssh/config

Host *
  IdentityFile ~/.ssh/id_ed25519
  IdentityFile ~/.ssh/id_rsa
  UseKeychain yes
  AddKeysToAgent yes
  

OpenSSH updates in macOS 10.12.2